Conferencia General
La Conferencia General es el máximo órgano del OPANAL. Está integrado por todos los Estados Parte en el Tratado de Tlatelolco, es decir los 33 Estados de la América Latina y el Caribe. La Conferencia General celebra cada año reuniones donde toma decisiones sobre el funcionamiento y la agenda del Organismo.
Consejo
El Consejo se conforma de cinco Estados Miembros del Organismo -actualmente Belice, Brasil, Guatemala, Honduras y Nicaragua. Sus cinco Miembros son elegidos por la Conferencia General y se reúnen de manera continua para velar por el cumplimiento de las obligaciones que establece el Tratado de Tlatelolco.
Secretaría
La Secretaría se compone de un Secretario General y del personal que éste requiera. El Secretario General dura en su cargo un período de cuatro años, pudiendo ser reelecto por un período único adicional. De acuerdo con las decisiones de la Conferencia y del Consejo, el Secretario General vela por el cumplimiento de las obligaciones y los objetivos del Tratado de Tlatelolco.