La Conferencia General es el órgano supremo del OPANAL, está integrado por todas las Partes Contratantes, es decir, todos los 33 países de la América Latina y el Caribe, y celebra cada dos años reuniones ordinarias, pudiendo, además, realizar reuniones extraordinarias, cada vez que así esté previsto en el Tratado de Tlatelolco, o que las circunstancias lo aconsejen a juicio del Consejo.
Entre las facultades de la Conferencia General se encuentran:
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El estudio y decisión sobre cualquier asunto o materia establecida en el Tratado de Tlatelolco, incluidas aquéllas que se refieren a los poderes y funciones de cualquier Órgano;
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Establecer los procedimientos para asegurar el cumplimiento del Sistema de Control establecido en el Tratado;
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Elegir a los Miembros del Consejo;
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Elegir al Secretario(a) General y puede removerlo(a) de su cargo;
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Recibe y considera los informes bienales y especiales presentados por el Consejo y el Secretario General;
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Inicia y considera los estudios diseñados para facilitar el óptimo cumplimiento de los propósitos del Tratado, sin perjuicio de los poderes del Secretario General;
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Es el Órgano competente para autorizar la conclusión de acuerdos con Gobiernos y con Organismos Internacionales;
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Aprueba el presupuesto anual del Organismo y fija la escala de las contribuciones financieras para ser cubiertas por los Estados Miembros;
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Elige las autoridades para cada Período de Sesiones y establece cualquier Órgano subsidiario que sea considerado necesario;
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Aprueba su propio Reglamento;